「最強の捜査機関」と称され、特捜検察の中枢となる東京地方検察庁特捜部(東京地検特捜部)は、特別捜査部長の下に「特殊直告一班」「特殊直告二班」「財政経済班」の3班を率いる3人の副部長が配され、所属する検事は40人、副検事2人、約100人の検事事務官が検事を補助している。

検察は司法権ではなく、あくまでも内閣の下にある法務省管轄の一組織でありながら、事実上独立した組織であるかのような扱いを受け、権力の乱用がきわめて行われやすい状況になっている。
行政権である検察を指揮監督する唯一の方法は、法務省の長である法務大臣による指揮権発動(検察庁法14条)のみである。

法務省は他の官庁とは異なり、国家公務員Ⅰ種試験に合格したキャリア官僚が重要なポストには就かず、検察官が局長や事務次官になる。