NISA口座は、投資商品が値下がりして期間が終了した時に、大きなデメリットが発生する。

通常の口座の場合は、損失が出ると他の投資商品の利益と相殺して税金を減額できるが、NISA口座は損益通算ができない。

さらに、値下がりしたまま期間が終了した投資商品を売却せずに、今後の上昇に期待して通常の口座に移す場合にも、その商品の取得価格は移す時点の時価に変更されてしまう。
例えば、100万円で買った商品が期間終了後に30万円に値下がりし、期間が過ぎて、それを通常口座に移すと取得価格は30万円になる。
その商品を、後で50万円で売却した場合、本来なら50万円の損失なのに、新取得価格との差額となる20万円が利益となり、課税されてしまう。