国税局で課税実務に関わる部署は、調査部、査察部、課税部であり、税務署では対処できないような案件を扱う。

調査部は資本金1億円以上が対象なので、全法人の2%にも満たない。
東京国税局管内の法人数は96万社だが、調査部のターゲットとなるのは上場企業をはじめとする1万数社程度であり、源泉所得税を除いて、これらに税務署が関わることはない。

査察部は刑事責任を追及する部署なので、行政手続き上の資料を持ち出すのは違法になる恐れがあり、課税部が保有する資料情報を使うことはできない。
従い、査察部内で独自に内偵を行い、事件の企画をする必要がある。
東京国税局では年間100件ほどを扱っている。

課税部は国税局内で担当する案件の他に、東京国税局管内の全84税務署が行う調査の指導・監督をする部署である。