投資信託の主なコストには「販売手数料(購入時手数料)」「信託報酬(運用管理費用)」「信託財産留保額」がある。

インデックスファンドの場合、販売手数料がない(ノーロード)が常識になっている。

信託報酬は、投資信託を運用する運用会社や販売会社などに毎年払い続ける手数料で、インデックスの場合は保有資産に対して年率0.4～0.5%程度を、投資信託の運用資産の中から、自動的に毎日少しがつ差し引かれる。
投資家が追加的に支払ったり、口座から引き落とされたりするわけではないので、取られた感がないので意識が低くなりがちだが、保有資産全体に対してかかるコストとして馬鹿にならない金額を抜かれており、運用成績を確実に押し下げる悪影響を及ぼすコストであり、徹底的にこだわり、最も信託報酬が安いインデックス投資信託を選ぶべきである。

信託財産留保額は、投資信託を解約する時にかかるコストで、保有財産に対して0.1～0.3%程度のものが多い。
信託財産留保額が無い投資信託もある。
「解約ペナルティ」という意味合いが強く、投資信託の解約があるとファンドマネージャーは現金を確保するために、保有資産を売却せねばならない。
その際にかかるコストを残された投資家が負担するのは不公平になるということで、解約者からペナルティとして徴収される。

他にも信託報酬の他に、「その他手数料」という項目に含まれている売買委託手数料、有価証券取引税、保管費用、監査費用など、ファンド内部の運用にかかる上乗せ費用がある。
これらは毎年一定比率というわけではなく、毎年変わり「運用報告書」で報告される。
この費用は「隠れコスト」と呼ばれ、新興国に投資するファンドや新規設定から間もないファンドに時々含まれているので注意が必要である。