平安時代には、804年に遣唐使として唐に渡った最澄と空海が帰国し、最澄は806年に比叡山延暦寺で天台宗を開き、空海は816年に高野山金剛峰寺で真言宗を開いた。

最澄が天台宗を開いた当時、戒律を授ける国家公認の戒壇院は東大寺など日本に3ヶ所しかなく、仏教の僧侶は国家資格だった。
最澄は奈良時代以来の体制に改革を唱え続けた結果、死後７日目に比叡山に公認の戒壇院が設けられ、奈良仏教と独立した組織として僧侶の養成が可能となった。

その結果、平安時代から鎌倉時代にかけて、比叡山は多くの名僧を輩出した。

浄土宗の開祖　法然
浄土真宗の開祖　親鸞(法然の弟子)
臨済宗の開祖　栄西
曹洞宗の開祖　道元
日蓮宗の開祖　日蓮