財務省・主計局が歳出についての司令塔であるのに対して、主税局は歳入についての司令塔である。

主計局は歳出先となる各省庁が自らの傘下ではないが、主税局は財務省の外局である国税庁を通じて、全国11国税局、1国税事務所、524税務署を傘下に収めている。

主税局は、局長の下に次長クラスの大臣官房審議官(主税局担当)、その下に総務課長、調査課長、税制第一課長、税制第二課長、税制第三課長および参事官(国際租税担当)が並んでいる。

中でも税制第一課長(直接税)、税制第二課長(間接税)、税制第三課長(法人税)は、主税局のエリートコースとなっており、歴代の主税局長はこの3つの課長のうち2つの課長を歴任している。

主税局長は事務次官になれなくても、殆どが国税庁長官に就任している。