ふるさと納税は、納税先の自治体を選べるだけではなく、殆どの自治体で寄付をする「使い道」も選べるようになっている。

島根県では「竹島の領土権の確立」を使い道に指定したふるさと納税が、2015年末時点で251件、376万5000円と、過去最高となっている。

また、沖縄県では翁長知事が2014年12月に就任した後、沖縄県の「ふるさと納税」が急増しており、2015年3月までの寄付額は前年同期比で36倍の302件、1954万円となっている。
沖縄県では寄付金の使い道に「平和の創造と発進」を指定できる。

他にも北海道根室市では「北方領土返還運動に関する事業」を寄付金の使い道に指定できる。