326年に、当時のローマ帝国の国王だったコンスタンティヌス1世が、使徒ペテロの墓があると伝えられてきたこの地に、最初の教会堂を建てたことが、バチカン市国の始まりである。

元々の地名は「ウァティカヌスの丘」だったことから、バチカンになったという。

その後、ここに住んでいたローマ司教がカトリック教会に強い影響力を持つようになるに従い、カトリックの本拠地となった。

法王は1000年ほどの間、ローマの球団に居住していたが、やがてバチカンの中に宮殿を建てて、そこに住むようになった。
19世紀半ばまでは広大な領地を持っていたものの、イタリア王国が全ての領地を接収して、バチカンをイタリア領とすることになった。

当時の法王は反発し、教皇庁とイタリア政府の対立は50年続いたが、1929年に両者の合意が成立し、法王側が教皇領を放棄する代わりに、バチカンを独立国にすることとなった。