法定実効税率はあくまでも表面税率の話であり、企業が実際に負担している税率ではない。

日本の税額は、以下の計算で決定される。
税額＝(企業利益－益金不算入－損金算入)×税率－税額控除

益金不算入は、企業が収益として認識するもののうちで、課税を免除されたもので、代表的なのは法人間での受取配当がある。
損金算入は、企業会計では費用として認識しないものを税務上の費用である損金として計上を認めるものである。
税額控除は税額を直接減額することである。
この損金算入と税額控除は、租税特別措置法に基づいている。

2011年度の租税特別措置による減収は1兆9300億円で、うち税額控除が4800億円、特別償却などで5000億円、準備金の損金算入は5800億円だった。