トヨタ自動車の実質税負担が低くなっている最大の要因は「研究開発費の減税」である。
2003年に導入された、この税は研究開発をした企業はその費用の10%分の税金を削減するという制度で、限度額はその法人税額の20%である。

2014年3月期では、トヨタはこの研究開発税制により1201億円の減税を受けている。

この研究開発税制による日本全体の減税がくは6240億円で、つまりトヨタはこの減税全体の2割を占めているのである。
この割合は例年ほぼ変わらず、研究開発減税の恩恵を最も受けているのはトヨタなのである。

さらに安倍政権は刑期刺激策として研究開発減税の規模を増やし、特例減税額を2014年度に1兆2000億円に、民主党政権から倍増させている。

財務省が2011年度分から公表している調査報告書を分析すると、国税の減収額が明らかな項目を合計すると2014年度には1兆1954億円と、2012年度の5244億円から2.3倍になっている。

減税額が最も大きいのが、企業の研究開発減税で2012年度の3952億円から2014年度には6746億円と倍増している。

研究開発減税の恩恵は、企業数では全体の0.1%にも満たない資本金100億円超の大企業が恩恵を受けており、5423億円と全体の8割を占めている。

政策減税全体でも資本金100億円超の大企業の減税額が2014年度は7365億円(全体の56%)と、2012年度の2.5倍に増え、全体の62%を占めた。

財務省の報告書では減税対象の企業名は非公開だが、各社の有価証券報告書から、研究開発減税の適用が多い上位５社は以下の通り。

トヨタ自動車　減税額1083億円
日産自動車　　減税額213億円
ホンダ　　　　減税額210億円
JR東海　　　　減税額192億円
キャノン　　　減税額157億円