旧国鉄だったJRは、私鉄のように運賃の額を自社で勝手に決められず、運賃の値上げの際には国土交通省の認可が必要となっている。

JRの運賃は国土交通省が算出した総括価格「営業費等+事業報酬」で決められ、このうち営業費等の上限はヤードスティック方式で算出される。

ヤードスティック方式とは、複数の事業者のコストを比較して適性コストを割り出し、それを基準に決められた額である。

JRの運賃の場合、全国のJR旅客会社６社と大手鉄道会社15社、地下鉄事業者10社の合計31社のコストを比較して算出されている。

この適性コストが、いわばJR運賃の原価となるのである。

ちなみにJR西日本の2014年度の営業利益は1345億円だったが、そのうち本業の運輸収入は910億円、残り300億円は流通業と不動産業の収入が占め、多角化経営てせ収益を維持している。