かつての日本において、細菌兵器の研究は軍のインテリジェンス機関が行っていた。

1939年に設立された登戸研究所(正式名は「第九陸軍技術研究所」)であり、細菌やウイルスを使った生物兵器や、気球に爆弾をつけて米国本土を狙った風船爆弾などの開発が行われた。

現在の国立感染症研究所の前身は、「陸軍軍医学校」で、「日本軍731部隊(関東軍防疫給水部)」のかつての拠点でもある。

1989年の研究所(当時は「国立予防衛生研究所」)建替え時に、大量の人骨が発掘されて大騒ぎとなったこともある。