特定機密保護法の成立によって、インテリジェンス情報や軍事情報は、官僚に独占されるこにとなる。なぜならば、適性評価に適合した者しか特定秘密を取り扱うことができなくなるからである。

適正評価とは、「特定秘密の取扱いの業務を行った場合にこけらを漏らす恐れがないと認められた者」(同法第11条)しか特定秘密に触れることができなくする制度である。

一方、インテリジェンスの世界には「サード・パーティ・ルール」(第三者に関する約束)という掟があり、秘密情報を適用する場合、適性評価に適合した者以外とその情報を共有しないという掟である。
もしサード・パーティ・ルールに違反した場合には、外国のインテリジェンス期間かり機微に触れる情報はその後得られなくなる。

特定秘密保護法の規定では、総理を含む国務大臣、内閣官房副長官、内閣総理大臣補佐官、副大臣、大臣政務官らは、適性評価を受けなくても、特定秘密を取り扱うことができるとしている。
しかし、国際基準では適性評価を受けない者は特定秘密を取り使う資格を持たないので、諸外国から日本政府に提供された秘密情報は、適性評価を受けない総理、官房長官、外務大臣、防衛大臣が目にすることはできなくなる可能性がある。

特定秘密保護法が成立した結果、適性評価を通過したごく一部の官僚が、特定秘密を独占することになる。
特定秘密に該当する情報は、民意のチェックを受けない、国家権力を運営する官僚のものという帰結となる。