信用保証協会制度は、金融機関から融資を受けようとする際に、金融機関からの勧めにより、企業が保証協会に保証の申し込みを行う。

保証協会は審査・調査を行って保険承諾をした場合に、信用保証書を発行する。
金融機関はこれを受取、企業に対して融資を実行する。

一方、企業は保証協会に対して、信用保証料を支払い続ける。
金融機関への返済が不能になった場合には、保証協会が金融機関に対して代位弁済するという仕組みである。

保証協会と日本政策金融公庫の間では、再保険契約がある。
協会が公庫に保険料を納付する仕組みになっており、最終的に回収府のの場合は、国の財政負担となる。

注意が必要なのは、保証とは銀行に対して返済を保証するだけであり、借り手の企業には何の保証もない。
取り立てる主体が、銀行から保証協会に切り替わるだけである。