空室リスクから解放されて、管理の手間がかからないサブリース契約は、オーナーにとってメリットが多い契約に思えるが、このサブリース契約が大きな問題となっている。

サブリース契約時には、オーナーから不動産管理会社が不動産を借り上げる期間と保証家賃額が定められるが、借上げ期間中の保証家賃額は、契約当初の家賃額が保証されるわけではない。

これは国が定める法律で認められた借主の権利であり、その根拠となるのが借地借家法である。

本来は借地借家法は、貸主が強い立場であるということを前提にしており、借主を保護するために定められている。
そのため、条文内において「賃料減額請求権」が明記されている。
「賃料減額請求権」とは、土地や建物の賃貸契約において、一方の当事者の意思表示で将来の賃料を増減できる権利のことで、サブリース契約において、この賃料減額請求権の有効性を争う裁判による判例がある。

その判例では、サブリース会社からの借地借家法に基づく賃料減額請求家を認めている。(最高裁、平成15年10月21日判決)
つまり、この判例によってサブリース会社の賃料減額にお墨付きが与えられてしまったのである。

たとえサブリース契約書に「10年間は家賃を固定する」と記載されていても、借主に不利な条件だとして法律に基づき無効になる可能性がある。

借地借家法の本来の種子は、立場の強い貸主から弱い立場の借主を守るためのものであり、サブリース会社と一般のオーナーを比べたら、誰が見ても不動産を楯に取られている貸主のオーナー側である。

この保証家賃の引き下げによって、投資用ローンの返済ができなくなり、不動産を手放さざるを得ない状況が、今後、益々増えていくと予想されている。

サブリース契約に関するトラブルが余りにも多いことから、国土交通省によって2016年9月1日以降、サブリース契約における保証家賃の減額リスクの説明が義務化された。
2016年12月時点では、「賃貸住宅管理業登録制度」に参加する3982社はこのルールを守っている。