防衛省情報本部は、形式的には防衛大臣の直轄組織であるが、今だに警察庁のコントロールされている色彩が強い。

日本の情報コミュニティのトップに君臨するのは、表向きは首相だが、実務を取り仕切っているのは内閣情報調査室のトップを兼任する内閣情報官である。
このポストは一貫して警察官僚の指定席となっており、その下に警察庁、外務省、防衛省、公安調査庁が組織され、内調と警察が事実上一体化している。

形式的には事務担当の内閣官房副長官の下、これらの省庁の局長級が首相官邸で隔週の「合同情報会議」を開き、情報交換を図っているが、会議を主導するのは内閣情報官である。

内閣情報官は内閣衛星情報センターも所管しており、米軍事衛星には劣るものの一定の情報収集能力を有している。

ちなみにこの内閣衛星情報センターのトップは、歴代にわたり将官の情報本部長が一度自衛隊を大使区して、天下りしている。
天下りでトップを防衛省情報本部から受け入れることで、名を捨てて身を取る思惑が伺える。