自治医大は、私立大学でありながら出資母体は全国の都道府県であり、医師が恒常的に不足している僻地勤務医を養成する目的で1972年に設立された。
その為、入試は都道府県ごとに選抜され、各自治体から毎年2人か3人合格者が出ている。
6年間で2100万円かかる授業料は学生に貸与されるが、卒業後9年間を「義務年限」とし、各都道府県が指定する僻地に勤務すれば返還が免除される。

しかし直接的には総務省が所管する大学で、事務局には多くの現役職員が出向し、理事会にはキャリア官僚が天下っている。

省庁が所管する医大には、厚労省の産業医大、防衛省の防衛医大があるが、潤沢な補助金に恵まれている点で、自治医大は特異な存在であると共に、広範な医療機関ネットワークを持つ点で他の医大を圧倒している。

自治医大は1934億円の資産を持ち、人件費率は2012年度収支報告書によると3割以下に抑えられ、無借金の超優良企業並みの健全経営となっている。

理由は総収入1059億円の1割以上を占める補助金収入で、自治医大の場合文科省からの私学助成金28億円の他、各都道府県の負担金61億円が加わる。
更に栃木県が発行母体となる「地域医療等振興自治宝くじ」の収入減があり、一自治体が発行する宝くじでありながら、特別に全国で発売が認められ、収益は自治医大にまわされる。

これら表向きの補助金以外に33億円の学生納付金も、最終的には各都道府県が負担することを考慮すれば、一種の隠れ補助金ともいえる。