英国のEU離脱問題は、スコットランド独立問題とも密接な関係を有している。

スコットランドでは、英国から独立を主張するスコットランド国民党が、英国下院選挙でスコットランドに割り当てられた59議席中、56議席を占めていることから、英国からの独立の是非を問う住民投票が行われた場合、スコットランド独立支持が過半数を占める可能性が高い。

独立を宣言したスコットランド共和国は、EUへの加盟を申請する可能性が高い。
なぜならば、スコットランドが独立する場合、独自通貨を発行しても国際的な信用を得られないが、英ポンドを継続使用する事も政治的に難しいので、EUに加盟してユーロを使用するというシナリオを選択する可能性が高い。

EUへの新規加盟は、加盟国の各国が拒否権を持っているため、加盟国の1ヵ国でも反対すれば実現しない。
英国がEUに残留していれば、スコットランドの加盟申請に対して拒否権を発動できるが、英国がEUを離脱してしまえば、スコットランドのEU加盟を阻止する手段を持てなくなってしまう。