アマゾン・ジャパンは日本に法人税を支払っていない。

日本で生産されている商品が日本のアマゾンの流通センターから直接日本国内に発送されているにもかかわらず、その理由を、アマゾン・ドット・コム(米ワシントン州の法人)は、日本国内に支店等を置いていないからだと説明し続けている。

2009年に東京国税局は、日本国内の流通センターに置かれているアマゾンの機能は、「実質的な恒久的施設」と判断し、2003年～2005年分について140億円の追徴課税を行っている。

ところが、日米当局間で協議が行われ、日本の国税局の請求は退けられてしまった。
同社の法人税については、欧州各国でも問題になっている。