731部隊に関しては、終戦後もよく実態がつかめていなかった。
理由は、ソ連が満州に侵攻してきた時に、真っ先に証拠を完全に隠滅して逃げたのが、この731部隊だったからである。

大本営からの命令で、ハルビン郊外の平房にあった研究施設を徹底的に爆破し、書類などの証拠を全て焼却した。

その命令を伝えた朝枝繁春・大本営参謀(陸軍中佐)は、1945年8月9日にソ連軍が侵攻してきたとき、大本営作戦部の特命を帯びて、満州の長春に飛び、7312部隊を主導していた石井四郎(陸軍軍医中将)を読んで、天皇が関与している証拠を残さないため、どこをどう爆破すればいいかを詳細に教えたと、インタビューに答えている。
朝枝中佐は、「俺が戦後の天皇を救った」とまで豪語していたという。

石井四郎も人体実験に関与していた者にかん口令をしき、日本に帰ってきた彼らは戦犯で起訴されることは無かった。
731部隊の秘密を握る人間が、GHQに協力したからだとされている。

東京裁判で731部隊関係者を戦犯に指名しない代わりに、彼らから情報を引き出したことは、アメリカ側の記録が開示されて明らかになっている。
この点について詳しい経緯は、『731』に書かれている。

731―石井四郎と細菌戦部隊の闇を暴く (新潮文庫)